- Сектор за развој на воспитно-образовниот систем и развој на стандарди, наставни планови и програми
- Сектор за професионален развој на воспитно-образовниот кадар и советодавна стручна работа
- Сектор за истражување во образованието
- Сектор за издавачка дејност
- Сектор за следење и евалуација на постигањата на учениците и наставниците
