Со Бирото за развој на образованието раководи директор кој ги има правата и должностите на функционер кој раководи со орган на државната управа.
Внатрешната организација на Бирото е уредена согласно неговите надлежности, развиеноста на мрежата на училиштата, како и јазикот на којшто се изведува наставата во следните организациони облици:
- Сектор за развој на воспитно-образовниот систем и развој на стандарди, наставни планови и програми
- Сектор за истражувања во образованието
- Сектор за професионален развој на воспитно-образовниот кадар и советодавна стручна работа
- Сектор за издавачка дејност
- Сектор за следење и евалуација на постигањата на учениците и наставниците
- Сектор за логистика
- Сектор за финансиски прашања
- Одделение за управување со човечки ресурси
- Одделение за внатрешна ревизија
- Одделение за стратешко планирање, креирање, политики и следење

